По умолчанию идет
$rsElements = CIBlockElement::GetList($arSort, array_merge($arrFilter, $arFilter), false, $arNavParams, $arSelect);
где $arrFilter - пользовательский массив фильтрации, и некоторые значения, которые идут в $arFilter, переопределяют значения в $arrFilter
$arFilter = array(
"IBLOCK_ID" => $arParams["IBLOCK_ID"],
"IBLOCK_LID" => SITE_ID,
"IBLOCK_ACTIVE" => "Y",
"ACTIVE_DATE" => "Y",
"ACTIVE" => "Y",
"CHECK_PERMISSIONS" => "Y",
"MIN_PERMISSION" => "R",
"INCLUDE_SUBSECTIONS" => ($arParams["INCLUDE_SUBSECTIONS"] == 'N' ? 'N' : 'Y'),

;
например "ACTIVE_DATE" => "Y", "ACTIVE" => "Y"
Должно быть array_merge($arFilter,$arrFilter) и все будет отлично.
Товарищи разработчики, пожалуйста, сделайте этот одноминутный апдейт!!! Реально очень важная доработка!