Сделайте независимую сортировку свойств товаров для каждого раздела в едином инфоблоке.
Приведу очень грубый пример для разделов, находящихся в одном ИБ:
1. Для раздела "телефоны" в карточке товара отображается сначала свойство "цвет", потом "размер".
2. Для раздела "стиральные машины" идет сначала "размер", а "цвет" ниже.
Главное, чтобы можно было изменять очередность свойств прямо окне редактирования раздела.
Спасибо!