Добрый день.
На сегодняшний день в России несколько юридических лиц у одной компании - это рядовая ситуация. Иногда их может быть не 2, а 4-6 на фирму.
В Битрикс24 формально есть блок "Способы оплаты", через который задаются различные реквизиты для подстановки в формируемые счета. Однако при интеграции с 1С Предприятие через Интернет все эти сведения использовать невозможно.
По какой причине: интеграция осуществляется через блок "обмен данными с сайтом". Там указывается адрес сайта и все строго вашей по инструкции, но далее, в соседней вкладке, определяется к какому юридическому лицу из уже присутствующих в 1С относить все импортируемые счета.
В итоге получается, что менеджеры у нас выставляют в битрикс различные счета от имени ООО "Ромашка 1", ООО "Ромашка 2", ООО "Ромашка 3", но в 1С Предприятие они все импортируются как выставленные от имени ООО "Ромашка 1", т.к. ее мы указали в настройках интеграции, больше одного указать там нельзя.
Указанная проблема усугубляется тем, что невозможно установить налоговые настройки по товарам, еще не существовавшим в 1С на момент интеграции. В 1С не передаются данные о том, какова была сумма налога в импортируемом счете. Т.е. те счета, что попали в 1С Предприятие из Битрикс24 благодаря интеграции, содержат не только неправильные юридические лица, но и импортируются с пометкой "Без НДС".
Т.е. интеграция теряет вообще всякий смысл, т.к. должен быть человек, который вручную будет все это сверять и исправлять.