UTF-8 это стандарт дефакто, международно признанная кодировка. Продукты на UTF-8 работают везде и на Windows и на *nix, Mac.
Продукт Битрикс разрабатывается в UTF-8, а cp1251 оставлен только для совместимости со старыми версиями. Соответственно и в маркетплейсе нужна основная кодирвока UTF-8 а cp1251 только для совместимости. При этом можно проверять, что данный модуль только для UTF-8 сайтов.
Старые решения не должны тормозить и мешать прогрессу (JSON, REST, js frameworks).
Спасибо.
С другой стороны, jQuery параллельно развивает ветку под номером 2, которая аналогична ветке 1 за одним исключением - полным отсутствием поддержки IE8 и меньше. В связи с чем у меня есть альтернативный вариант - включить в продукт последнюю версию jQuery2 в виде дополнительного расширения jquery2, которое смогут использовать те партнеры, которые готовы расстаться с поддержкой IE8 и радоваться жизни.