Сейчас имеется такая ситуация:
Номер заказа присваивается на сайте, а при выгрузке в 1С присваивается еще один номер. Это создает сложности в работе с клиентами (а уж если юр. лицо с/ф с сайта распечатает, то вообще труба..), так как в 1С могут так же создаваться ручные заказы.
Битрикс позиционируется как CMS интегрирующаяся с 1С "из коробки", основным принципом заявляется первичность информации в базе 1С и вторичность сайта на Битриксе. Но при этом номер заказа является КЛЮЧОМ таблицы заказов, невозможно (без нарушения лицензии/потери поддержки) присвоить заказу номер, отличающийся от автоинкремента таблицы. Этот нюанс мешает перевести интеграцию на качественно новый уровень.
Предлагаю номер заказа вынести в отдельное уникальное поле таблицы b_sale_order.
PS Галочка "использовать номера с сайта" спасет только тех, кто никогда не делает заказы руками.