Сейчас есть возможность загрузить массив только одной сущности. То есть если у меня в одной таблице данные о компании и контактных лицах, нормально я эти данные не загружу. Отдельно компании, отдельно контакты, связаны они не будут.

Предлагаю:
Дать возможность в настройках соответствия полей, выбрать "Связанный контакт: Фамилия" / "Связанная компания: Название" / "Связанная сделка: Стадия" и все пр. поля. Чтобы при импорте получалась полноценная, связанная база.

+ Дать галочку в настройках соответствия полей "Проверять обязательные поля". И если галочка не заполнена, разрешать записывать сущности, с пустыми обяз. полями.