Синхронизация с 1С предполагает обмен товарами, так, чтобы счет можно было выставлять без 1С, но это сделать невозможно без контроля остатков в CRM, все равно приходится смотреть остатки в 1С.
Сейчас добавили "Магазин", где остатки доступны. Но при выставлении счета в CRM с товарами из Магазина остатков все также не видно.