У метода выборки секций CIBlockSection::GetList есть опция подсчета элементов в каждой секции, значение выводится в ELEMENT_CNT. И у него нету возможности делать подсчет с учетом прав на элементы.
В самом catalog.section.list для этого делается дополнительная выборка через CIBlockElement::GetList