Сейчас все файлы от клиентов сохраняются в огромных папках без структуры, файлы из писем в одном месте, из Открытых Линий - в другом... и собственно нет возможности отследить все файлы от клиента (или отправленные клиенту)

Предлагаю:
1) в общем диске создать раздел "CRM", в котором создать разделы по именам сущностей ("контакт","компания") внутри которых будут создаваться разделы по имени сущности ("ООО Компания", "Иванов Иван")
2) Это позволит структурно понимать распределение файлов на диске и не организовывать параллельный файлообменник для сбора файлов по клиенту.