Сейчас ЧПУ вида "#SECTION_ID#/#ELEMENT_ID#.php" в комплексных компонентах (тестировал на примере bitrix:news) из коробки и без костылей реализовать невозможно. Нужно либо изобретать собственные правила преобразования адресов, либо прописывать в настройках компонента "index.php" в качестве страницы списка элементов, но тогда нужно обрабатывать ссылку "Назад в раздел", чтобы исключить из нее подстроку "index.php" и пересылать пользователя непосредственно в SEF-каталог.
Думаю, такой вид ЧПУ является одним из самых распространенных, поэтому очень хотелось бы, чтобы он не требовал дополнительных танцев с бубном.