В настройке инфоблока существует 3 поля:
URL страницы информационного блока,
URL страницы раздела,
URL страницы детального просмотра.

Битрикс себя позиционирует как многосайтовая CMS.
Но пути указываемые в настройках инфоблока единые для всех сайтов
Это абсолютно не правильно. Структура сайтов может быть различная и соответственно пути настраиваться должны для каждого сайта.
Это особенно важно при использовании компонента поиска.

В настройках есть выбор для какого сайта показывать инфоблок, так же для каждого сайта  должны быть  свои пути к элементам и разделам.

Настройки должны делаться так же как и в Социальных сервисах - вкладка общие для всех сайтов настройки и индивидуальные для каждого сайта.