Очень удобно иметь возможность сделать произвольную скидку для всего заказа в административной части - часто нужно для округления или по результатам консультации по тем или иным причинам -клиент выпросил скидку или сделан крупный заказ, под который не существуют достойные правила корзины и другие причины.
Конечно, с настройкой права доступа к этой возможности.
Этот функционал есть во многих других CMS и даже в 1С (УНФ по крайней мере).

1. Некорректно работают скидки через множественные купоны (аналог ручной скидки): при изменении заказа в административной части менеджером/администратором с правом применения ручной скидки (купона) значение скидки возможно почему-то применить один раз. После нажатия на кнопку "Применить" / "Сохранить" значение ручной скидки хранится в сессии. Повторное изменение значения ручной скидки возможно при полном разрыве сессии - очистка куков, завершение работы браузера (и то не всегда срабатывает).
Юрий Волошин в курсе этой проблемы, лично демонстрировал ему по скайпу данный глюк! Обещали исправить в декабре 2013, но по ходу дела так и не исправили.

2. Некорректно работают скидки в сочетании: скидка на товар (заносится непосредственно ID товара, либо свойство Акция) + ручная скидка (купон, исключение - товары со скидкой) + правила работы с корзиной (при сумме заказа более 2 тыс. рублей - 10% скидка, исключение - товары со скидкой).
Высший приоритет - ручная скидка (дальнейшее применение скидок прекратить)
При увеличении значения ручной скидки (свыше 35%, у нас 43,7% - максимальное значение ручной скидки) перестает работать исключение на товары со скидкой, значение скидки таких товаров начинает меняться по непонятному алгоритму.

Редакция битрикс: 14.0.5