Крайне актуально для обмена 4 и выше, т.к. здесь уже не два файла (товары и предложения), а семь (товары-метаданные-группы, товары-метаданные-свойства, товары-элементы, предложения-метаданные, предложения-элементы, остатки, цены). Файлы с метаданными и элементами можно различить только заглянув внутрь (по наличию элемента Классификатор, Группы, Свойства).
Сейчас приходится заниматься кастомизацией компоненты bitrix:catalog.import.1c.
Событие 'catalog', 'OnBeforeCatalogImport1C' не поможет, т.к. отправляется после создания временной таблицы b_xml_tree, но до ее наполнения.
catalog 17.0.4: Ситуация не изменилась.