Единая точка входа в web-приложение

Этот функционал уже присутствует в битриксе в виде комплексных компонентов. Если Вам нужно использовать единую точку входа для всего сайта - ставьте комплексный компонент на главную страницу. Единственный нюанс - это что Вам скорее всего придется разрабатывать такой компонент самостоятельно.

В посте на хабре описан конфиг апача в .htaccess, который переадресует все запросы при отсутствии файла или директории на index.php. В битриксе переадресация происходит на urlrewrite.php

Ну, в Битриксе все почти так-же как Вы пишите, единая точка входа, все кто входят на сайт - попадают на единую страницу /bitrix/header.php"

Наверное, считают что на файлах сайт будет работать быстрее.
Хотя, в крупном интернет-магазине все равно все страницы хранятся и генерируются в базе, так что, конечно, можно было бы и страницы сделать в базе.

Вот, даже идея есть по этому поводу
http://idea.1c-bitrix.ru/the-structure-of-the-site-through-the-database-rather-than-through-the/

Это хорошая концепция, но реализации данной концепции могут быть разные.
Реализация данной концепции в битриксе есть, несколько более распределенная, нежели одно место равно один файл, но тем не менее...

случайно повторно отправил

а на мой взгляд естественное отображение сайта на файловую систему очень выгодно отличает битрикс от жумл, друпалов, неткатов итп. И поверьте затащить сто файлов в редактор и подправить их это гораздо более приятная задача чем отредактировать сто элементов/сто строк базы/сто записей в админке итп. Ну и возможность редактировать контент и шаблоны не через любезно предоставленный навязанный интерфейс а тем редактором который нравится - очень большой плюс