Волшебная фраза отмазка.
Когда контроль целостности упирается в определённый лимит найденных изменений, то сканирование просто прекращается (специально уточнял это в ТП, тикет
#451224). Т.е. злоумышленник может всегда замаскировать свои изменения горой псевдо-легитимных правок (поправив даты ВСЕМ файлам на сервере).

Нужна возможность:
- Увеличить лимит в настройках модуля
- Вручную продолжить сканирование