Сейчас при экспорте заказов с сайта в 1С стандартно мы никак не можем повлиять на xml, которую генерирует 1С-Битрикс (уточнял в ТП).
Предлагаю добавить пару событий на экспорт:
* OnBeforeExportOrderTo1C(&$arFields)
* OnBeforeExportOrderXmlTo1C(&$xmlString, $arFields)
Тогда можно стандартно использовать такие события, чтобы внедрять свои кастомизации xml файлов.
И не переопределять свой класс для импорта и стандартный компонент.
хотя тут можно обойтись и OnBeforeOrderUpdate