Битрикс регистрирует через CJSCore::RegisterExt библиотеку jquery. Соответственно ее можно и нужно использовать как зависимость во всяких component_epilog-ах и своих JS-библиотеках черзе CJSCore::Init

Говорить о том, что наврядли найдется сайт не использующий jquery, думаю не нужно.
Однако jQuery развивается и хочется идти вногу со временем. А для этого нужно периодически обновлять в ядре версию jQuery.

Никакое общение с техподдержкой и просьбы обновить jquery в ядре с версии 1.8 до более свежей естественно ни к чему не привели. Да и учитывая обратную совместимость наврядли коллеги захотят это делать (обновлять).

Ввиду этого - идея: всегда распространять с ядром все версии jQuery (хотя бы с точностью до второго числа версии) и дать возможность выбирать в настройках сайта/главного модуля какую версию регистрировать в CJSCore::RegisterExt под именем 'jquery'