Сейчас при обмене УТ-Б24 через модуль 7.0.1.12 (и более ранние) не изменяется статус счета в Б24, если оплата была произведена одной платежкой по нескольким счетам.

Оплата отмечается только у одного счета из всего списка в ПП. У остальных счетов записывается дата оплаты, но сам статус счета на "оплачен" не меняется.
Клиенты редко оплачивают счета по отдельности. Два счета в одной платежке это самы простой случай. Случаются оплаты и 5-8 счетов в одном ПП.
Конечно, вы можете сказать - разделяйте сами такие ПП на 8 отдельных, но это ручная работа, которой не должно происходить.

Поддержка тикет на доработку не создает! Говорит:

Ставьте плюсы !

можно ли реализовать возможность частичной оплаты в счетах CRM, чтобы при выставлении счета, внесенная предоплата учитывалась автоматически и менеджеру не нужно было подсчитывать и вписывать это самостоятельно в дополнительных полях.
особенно это было бы полезно еще при интеграции с 1С, многие компании заинтересованы в реализации данного вопроса.