При создании счета нет возможности ввести свой номер счета.
Можно изменить номер счета только при редактировании, это не удобно.
В нашей компании например есть правило, что номер счета должен быть таким же, как номер договора. Бывают счета, которые выставляются периодически, и тогда они должны быть с постфиксом ХХХ-1, ХХХ-2 и так далее.
Предлагаю сделать возможность редактирования номера счета при создании, либо настраиваемое правило для нумерации счетов.
Вот тут есть хорошая статья на эту тему, мне она помогла:
Bitrix - весьма динамичный продукт, следует отдать должное.