Для коробочной версии Битрикс24 жизненно необходимо иметь возможность изменять стандартные js (например в всплывающие карточки звонка добавить новое поле или вывести доп.информацию), однако все "зашивается" на папку /bitrix/js/, а так как не предусмотрен штатный механизм для расширения js, то может стоит добавить папку /local/js/ для приоритетного замещения /bitrix/js/
Например при подключении core.js (/bitrix/js/main/core/core.js) проверялось бы наличие файла /local/js/main/core/core.js и в случае его существования подключался именно он.
Может для редакции БУС это не так актуально как для КП, но в КП это просто необходимость для кастомизации crm (да и например BX.ShowWait() можно кастомизировать)
С кастомностью не только в коробке проблемы(жаль но не имел в своих руках коробки б24)
2. обработчик события ShowWait перехватить.